هي جهاز  فني وإداري متفرغ يساند الهيئة الشرعية في تحقيق أهدافها وأداء أعمالها, وتعد الأمانة إدارياً مجموعة من مجموعات المصرف مع ارتباطها الفني المباشر بالهيئة الشرعية.

ويرأس هذا الجهاز الأمين العام للهيئة الشرعية.

ويتفرع عن أمانة الهيئة الشرعية الإدارات الثلاث الآتية:

1. إدارة الدراسات.
2. إدارة الرقابة الشرعية .
3. إدارة الدعم والاتصال.